主要包括新生儿神经系统疾病：新生儿窒息及复苏、新生儿缺氧缺血性脑病、新生儿脑梗死、新生儿癫痫、新生儿各种颅内出血、各种脑膜炎、低血糖脑病、早产儿脑损伤、脑白质损伤、脑疝、胆红素脑病、臂丛神经损伤等；呼吸系统疾病：感染性肺炎、新生儿吸入综合征、脓胸、支气管肺发育不良等；早产儿：低出生体重儿、极低出生体重儿；新生儿感染性疾病：败血症、脓毒症、全身炎症反应综合征、病毒感染性疾病、真菌感染、先天性梅毒及破伤风等；血液系统疾病：凝血功能异常、出血性疾病、新生儿尤其早产儿贫血、DIC、ABO及RH溶血、新生儿输血等；消化系统疾病：新生儿呕吐、腹泻、坏死性小肠结肠炎等；心血管系统疾病：PPHN、新生儿心率失常、新生儿心肌炎、休克、心力衰竭、先天性心脏病等；新生儿病理性黄疸；新生儿糖代谢紊乱及水电解质酸碱平衡紊乱；先天性或暂时性甲状腺功能低下、先天性遗传代谢病诊治与喂养管理、新生儿外科围术期管理等，其中神经系统、呼吸系统、新生儿黄疸、早产儿、新生儿外科围术期管理、先天性遗传代谢病诊治、先天性或暂时性甲状腺功能低下、小婴儿发育落后、矮小症、性早熟为新生儿母婴同室学科的主要研究方向和特色专业。