医院儿科创建于1953年。现共有医师83人，其中主任医师4人，副主任医师23人，研究生42人，完成住院医师规范化培训31人。儿科诊疗中心共开设床位373张。开设新生儿母婴同室、新生儿重症监护室、儿童重症监护室、普通儿科2个、儿童康复科、儿童癫痫规范化诊疗病房、小儿外科8个病区。

目前是河南省儿科区域医疗中心、国家卫健委豫东区域医学中心、商丘市儿科诊疗中心、国家级住培基地、商丘市危重新生儿救治中心、中国抗癫痫协会脑电图培训基地、中国抗癫痫协会二级癫痫中心、国家卫健委手足口病规范化诊治宣贯基地、国家级儿童哮喘标准化门诊、商丘市新生儿重症救护质量控制中心、商丘市儿科医疗质量控制中心、商丘市儿童康复医学质量控制中心等。近5年完成科研项目2项，并荣获省部级、市级科技进步奖（其中1项荣获省部级进步奖、2项获市级科技进步奖）。

中心目前有6个明确且稳定的研究方向，分别是儿童康复诊疗、儿童癫痫规范化诊疗、儿童重症救护、新生儿重症救护、可弯曲支气管镜技术在儿童肺疾病中的应用、小儿消化内镜技术，均有中心内科室主任亲自担任学术带头人，挑选精干力量组建研究团队。